Het meest in het oog springende aspect van de restauratie betreft natuurlijk het herstel van de gewelfschilderingen. Deze werkzaamheden zijn met gebruikmaking van archiefmateriaal uit de vorige restauratie (1968-1980) op passende wijze uitgevoerd waarbij storende verkleuringen zijn geretoucheerd en vuil is weggepoetst. Er is meer aandacht uitgegaan naar injecteren en herpleisteren dan naar de schilderingen sec., maar daarom niet minder noodzakelijk.
Opmerkelijk bleek het fenomeen dat het bindmiddel kalk uit het gewelf loslaat door verwering als gevolg van geregelde dampdiffusie en neervalt als gevolg van trillingen. Door de verzwakte gewelfkoepels volledig te injecteren is de stabiliteit weer teruggebracht.
Tijdens de realisatie is het mogelijk geweest enkele technische bijeenkomsten te houden waarbij de focus lag op het conserveren van de schilderwerken. Deze expert-meetings zijn georganiseerd door de restauratoren in samenwerking met de Vrije Universiteit Amsterdam.
Er is veelvuldig gebruik gemaakt van de gelegenheid om rondleidingen te houden op de hoog gelegen steiger in het koor. De rondleidingen werden georganiseerd door de kerkrentmeesters, de Stichting Vrienden van de Grote Kerk en het Gilde van Stadsgidsen.
Gelijktijdig met deze fase in de kerk is het aangrenzende deel buiten hersteld in het kader van de instandhoudingsregeling SIM. Voor een belangrijk deel betrof dit het voegwerk aan het opgaande werk. Het meest verzwakte voegwerk uit 1980 is hierbij vervangen met een luchthardende kalkmortel.